Naruto Uzumaki, một cậu bé mồ côi sinh ra ở Làng Lá, mang trong mình số phận đặc biệt — niêm phong Cửu Vĩ Hồ Ly, con yêu quái từng tấn công làng. Bị mọi người xa lánh, Naruto lớn lên với ước mơ trở thành Hokage — người mạnh nhất và được công nhận.
Được phân vào Đội 7 dưới sự hướng dẫn của Kakashi Hatake, cùng Sasuke Uchiha và Sakura Haruno. Họ bắt đầu từ nhiệm vụ đơn giản đến chiến đấu sinh tử với Zabuza và Haku.
Trong kỳ thi Chunin, Naruto đối đầu nhiều ninja, đặc biệt Gaara. Kỳ thi bị gián đoạn bởi âm mưu Orochimaru tấn công Làng Lá, dẫn đến cái chết của Hokage đệ tam. Sasuke bị đóng chú ấn và khao khát sức mạnh để trả thù cho gia tộc.
Không chấp nhận sự yếu kém, Sasuke rời làng theo Orochimaru. Naruto và đồng đội truy đuổi tới Thung Lũng Tận Cùng. Dù dốc sức, Naruto không thể ngăn người bạn thân nhất rời đi.
Naruto lên đường cùng Jiraiya — một trong Tam Ninja Huyền Thoại — tu luyện 3 năm. Cậu mạnh mẽ hơn, cải tiến Rasengan và kiểm soát tốt hơn sức mạnh Cửu Vĩ.
Trở về làng, Naruto đối đầu Akatsuki — tổ chức săn Bijuu. Gaara bị bắt rồi được giải cứu. Naruto tiếp tục tìm Sasuke và chiến đấu với Deidara, Sasori, rồi Pain — kẻ phá hủy Làng Lá.
Obito và Madara khởi động Tsuki no Me. Liên Quân Ninja hợp lực; Naruto và Sasuke phối hợp chống Madara, Obito và cuối cùng là Kaguya Otsutsuki — tổ tiên của chakra.
Sau khi đánh bại Kaguya, Naruto và Sasuke quyết đấu lần cuối. Sasuke chấp nhận con đường của Naruto. Nhiều năm sau, Naruto trở thành Hokage đệ thất — được cả làng tôn trọng và là anh hùng cứu thế giới ninja.